Bước 1: Tổ chức, cá nhân nộp 01 bộ hồ sơ đề nghị bổ sung, sửa đổi, cấp lại Giấy chứng nhận lưu hành tự do (CFS) đối với hàng hóa xuất khẩu thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Môi trường đến Cơ quan được Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao tiếp nhận hồ sơ bằng hình thức trực tiếp hoặc môi trường mạng hoặc qua dịch vụ bưu chính. Bước 2: Cơ quan được Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao tiếp nhận hồ sơ trả lời ngay tính đầy đủ của hồ sơ đối với trường hợp nộp trực tiếp; trả lời tính đầy đủ của hồ sơ trong 01 ngày làm việc đối với trường hợp nộp hồ sơ qua môi trường mạng hoặc qua dịch vụ bưu chính bằng văn bản. Bước 3: Trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Cơ quan chuyên môn được Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh giao nhiệm vụ giải quyết thủ tục hành chính tổ chức kiểm tra và trình Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định bổ sung, sửa đổi, cấp lại Giấy chứng nhận lưu hành tự do (CFS) đối với hàng hóa xuất khẩu thuộc phạm vi quản lý của Bộ Nông nghiệp và Môi trường; trường hợp quyết định không bổ sung, sửa đổi, cấp lại Giấy chứng nhận lưu hành tự do (CFS) thì phải có văn bản thông báo và nêu rõ lý do cho tổ chức, cá nhân.