- Bước 1: Nộp hồ sơ: Tổ chức, cá nhân đề nghị trả lại giấy phép nộp 01 bộ hồ sơ trực tiếp hoặc thông qua dịch vụ bưu chính viễn thông hoặc qua ủy quyền theo quy định của pháp luật hoặc trực tuyến tại cổng dịch vụ công đến Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Ninh Bình, sau đây gọi tắt là Bộ phận Một cửa.

- Bước 2: Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ: Bộ phận Một cửa có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra, xem xét tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ. + Trường hợp hồ sơ không hợp lệ, Bộ phận Một cửa trả lại hồ sơ và thông báo rõ lý do cho tổ chức, cá nhân đề nghị trả lại giấy phép. + Trường hợp hồ sơ hợp lệ, Bộ phận Một cửa chuyển hồ sơ cho Sở Nông nghiệp và Môi trường để tổ chức thẩm định.

- Bước 3: Thẩm định hồ sơ và quyết định chấp thuận đề nghị trả lại giấy phép: Kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Sở Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm thẩm định hồ sơ. + Trường hợp đủ điều kiện để chấp thuận đề nghị trả lại giấy phép thăm dò nước dưới đất, giấy phép khai thác tài nguyên nước, Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt quyết định; trường hợp không đủ điều kiện để chấp thuận thì trả lại hồ sơ cho tổ chức, cá nhân và thông báo rõ lý do bằng văn bản. + Trường hợp phải bổ sung, chỉnh sửa để hoàn thiện hồ sơ, Sở Nông nghiệp và Môi trường gửi văn bản thông báo cho tổ chức, cá nhân đề nghị trả lại giấy phép nêu rõ những nội dung cần bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Thời gian bổ sung, hoàn thiện hồ sơ không tính vào thời gian thẩm định hồ sơ. Thời gian thẩm định sau khi hồ sơ được bổ sung hoàn chỉnh là 6 ngày làm việc.