Bước 1: Người sử dụng đất phối hợp với đơn vị, Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư lập và nộp Hồ sơ đề nghị khấu trừ kinh phí bồi thường, hỗ trợ, tái định cư cùng với hồ sơ xác định nghĩa vụ tài chính về tiền sử dụng đất, tiền thuê đất tại Văn phòng đăng ký đất đai hoặc cơ quan có chức năng quản lý đất đai hoặc bộ phận một cửa liên thông. Bước 2: Văn phòng đăng ký đất đai hoặc cơ quan có chức năng quản lý đất đai hoặc bộ phận một cửa liên thông chuyển các hồ sơ quy định tại điểm a khoản 2 Điều 16 Nghị định số 103/2024/NĐ-CP ngày 31/7/2024 của Chính phủ cho Ủy ban nhân dân cấp huyện. Bước 3: Căn cứ vào chứng từ, hồ sơ quy định tại điểm b khoản 2 Điều 16 Nghị định số 103/2024/NĐ-CP ngày 31/7/2024 của Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp huyện thực hiện rà soát và có văn bản xác nhận số tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được trừ vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất gửi cho cơ quan thuế thực hiện việc trừ số tiền ứng trước vào tiền sử dụng đất, tiền thuê đất.