Bước 1: Chủ đầu tư dự án liên kết gửi một (01) bộ hồ sơ về Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh, trong giờ làm việc hành chính các ngày làm việc trong tuần (trừ ngày nghỉ, ngày lễ theo quy định).

Bước 2: Cán bộ tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra tính pháp lý và nội dung của hồ sơ: - Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ thì phải thông báo và hướng dẫn tổ chức, cá nhân bổ sung, hoàn thiện hồ sơ theo quy định. - Trường hợp hồ sơ hợp lệ, đầy đủ thì tiếp nhận và viết phiếu tiếp nhận trao cho người nộp. - Sau khi nhận đủ hồ sơ theo quy định, Sở Nông nghiệp và Môi trường tỉnh Ninh Bình thành lập hội đồng thẩm định hồ sơ. Hội đồng thẩm định gồm Lãnh đạo Sở Nông nghiệp và Môi trường là chủ tịch hội đồng, các thành viên là đại diện Sở Tài chính, các Sở ngành liên quan và lãnh đạo Ủy ban nhân dân các huyện có liên quan. - Trong thời hạn 15 ngày làm việc sau khi nhận được hồ sơ, Hội đồng tổ chức thẩm định, nếu hồ sơ đủ điều kiện thì Sở Nông nghiệp và Môi trường có tờ trình trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh xem xét phê duyệt. - Nếu hồ sơ không đủ điều kiện thì trong vòng 10 ngày làm việc kể từ khi thẩm định, Sở Nông nghiệp và Môi trường phải thông báo và nêu rõ lý do cho chủ đầu tư dự án liên kết được biết.

Bước 3: Trong thời hạn 10 ngày làm việc sau khi nhận được tờ trình của Sở Nông nghiệp và Môi trường, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ra quyết định phê duyệt hỗ trợ dự án liên kết.