- Bước 1: Nộp hồ sơ: Chủ giấy phép nộp 01 bộ hồ sơ trực tiếp hoặc thông qua dịch vụ bưu chính viễn thông hoặc qua ủy quyền theo quy định của pháp luật hoặc trực tuyến tại cổng dịch vụ công đến Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Ninh Bình, sau đây gọi tắt là Bộ phận Một cửa. Riêng đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 1 Điều 52 Nghị định số 54/2024/NĐ-CP, tổ chức, cá nhân nộp hồ sơ điều chỉnh tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đồng thời với việc nộp hồ sơ đề nghị điều chỉnh giấy phép khai thác tài nguyên nước.

- Bước 2: Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ: Bộ Bộ phận Một cửa có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra, xem xét tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ: + Trường hợp hồ sơ không hợp lệ, Bộ phận Một cửa trả lại hồ sơ và thông báo rõ lý do cho tổ chức, cá nhân. + Trường hợp hồ sơ hợp lệ, Bộ phận Một cửa chuyển hồ sơ cho Sở Nông nghiệp và Môi trường để tổ chức thẩm định.

- Bước 3: Thẩm định hồ sơ và phê duyệt điều chỉnh tiền cấp quyền: Kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ, Sở Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm thẩm định hồ sơ tính tiền cấp quyền, nếu cần thiết thì thành lập Hội đồng thẩm định hồ sơ tính tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước. + Trường hợp hồ sơ đủ điều kiện, Sở Nông nghiệp và Môi trường trình Ủy ban nhân dân cấp tỉnh phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước; trường hợp hồ sơ không đủ điều kiện thì Sở Nông nghiệp và Môi trường trả lại hồ sơ cho chủ giấy phép và thông báo rõ lý do bằng văn bản + Trường hợp phải bổ sung, chỉnh sửa để hoàn thiện thì Sở Nông nghiệp và Môi trường gửi văn bản thông báo cho chủ giấy phép nêu rõ những nội dung cần bổ sung, hoàn thiện hồ sơ. Thời gian bổ sung, hoàn thiện không tính vào thời gian thẩm định hồ sơ.