- Bước 1: Nộp hồ sơ: Tổ chức, cá nhân đề nghị gia hạn, điều chỉnh giấy phép nộp 01 bộ hồ sơ trực tiếp hoặc thông qua dịch vụ bưu chính bưu chính viễn thông hoặc qua ủy quyền theo quy định của pháp luật hoặc trực tuyến tại cổng dịch vụ công đến Trung tâm Phục vụ hành chính công tỉnh Ninh Bình, sau đây gọi tắt là Bộ phận Một cửa.

- Bước 2: Tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ: Bộ phận Một cửa có trách có trách nhiệm xem xét, kiểm tra tính đầy đủ, hợp lệ của hồ sơ. + Trường hợp hồ sơ không hợp lệ, Bộ phận Một cửa thông báo trả lại hồ sơ và thông báo rõ lý do cho tổ chức, cá nhân. + Trường hợp hồ sơ hợp lệ thì Bộ phận Một cửa chuyển hồ sơ cho Sở Nông nghiệp và Môi trường để tổ chức thẩm định.

- Bước 3: Thẩm định hồ sơ và quyết định gia hạn, điều chỉnh: Kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, Sở Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm gửi thông báo nộp phí thẩm định cho tổ chức, cá nhân và thẩm định hồ sơ. Trường hợp cần thiết, Sở Nông nghiệp và Môi trường tổ chức kiểm tra thực tế điều kiện hành nghề, năng lực chuyên môn kỹ thuật của tổ chức, cá nhân hoặc đề nghị cơ quan chuyên môn về lĩnh vực tài nguyên nước địa phương nơi có tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép tiến hành kiểm tra thực tế. Cơ quan được đề nghị kiểm tra có trách nhiệm kiểm tra và trả lời bằng văn bản cho cơ quan thẩm định hồ sơ trong thời hạn 09 ngày kể từ ngày nhận được văn bản đề nghị kiểm tra. + Trường hợp đủ điều kiện gia hạn, điều chỉnh, Sở Nông nghiệp và Môi trường phê duyệt gia hạn, điều chỉnh. Trường hợp không đủ điều kiện thì trả lại hồ sơ cho tổ chức, cá nhân và thông báo rõ lý do bằng văn bản; + Trường hợp phải bổ sung, chỉnh sửa để hoàn thiện hồ sơ Sở Nông nghiệp và Môi trường gửi văn bản thông báo cho tổ chức, cá nhân nêu rõ những nội dung cần bổ sung, hoàn thiện. Thời gian bổ sung, hoàn thiện hồ sơ, kiểm tra thực tế không tính vào thời gian thẩm định hồ sơ. Thời gian thẩm định sau khi hồ sơ được bổ sung hoàn chỉnh là 05 ngày làm việc.